Les documents techniques
Partager des approches et méthodes scientifiques et naturalistes pour mieux préserver et conserver la biodiversité
La Fondation Biotope étant amenée à réaliser de nombreuses études sur des thèmes variés d’observation et de protection de la nature, elle a décidé de publier les documents techniques de la Fondation afin de partager des méthodes ou des approches sur des sujets techniques propres aux métiers de bureaux d’étude et autres organismes de recherche.
Dans les articles publiés ci-dessous, vous retrouverez des comparaisons de l’utilisation d’outils d’observation de la nature, tels que les pièges photos ou les enregistreurs passifs d’ultrasons, des mises à dispositions de techniques d’observation et d’analyse d’espèces animales ou végétales, tels que l’utilisation du logiciel MaxEnt pour modéliser la niche écologique d’une espèce ou l’utilisation de l’analyse génétique pour aider à la détermination des espèces, ainsi que des interprétations des textes réglementaires liées à l’environnement.
L’objectif étant le partage de la connaissance technique pour une meilleur protection de la biodiversité.
Les documents techniques sont en libre-accès et téléchargeables gratuitement.
Voici donc tous nos documents techniques, du plus récent au plus ancien :
Les documents techniques
Pour télécharger le document technique 1 (3932 téléchargements )
L’Engoulevent coré (Hydropsalis cayennensis manati) est une sous-espèce endémique, qui n’a été recensée au sein des Petites Antilles françaises que sur l’île de La Martinique, bien que l’aire de distribution de l’espèce soit relativement large, allant de l’Amérique Centrale à l’Amérique du Sud. Cet oiseau nocturne s’est considérablement raréfié au fil des décennies sur l’île de la Martinique, ce qui lui a valu un classement en tant qu’espèce « vulnérable » (VU) selon la liste rouge régionale de l’UICN et une inscription à la liste des oiseaux protégés de la Martinique. Compte tenu des connaissances lacunaires sur cette espèce en Martinique et de sa distribution qui semble limitée à la Presqu’île de la Caravelle selon les dernières observations naturalistes, nous avons étudié l’habitat favorable à l’Engoulevent coré et recherché via des prospections nocturnes sa présence sur les habitats identifiés comme favorables.
Grâce à l’utilisation de l’outil de modélisation « MaxEnt », il a été identifié 125 km² d’habitat favorable, ce qui représente 11% du territoire de la Martinique qui s’étend sur un total de 1 128 km². Ces zones favorables sont principalement caractérisées par des milieux xériques, composées de formations arbustives et arborées, ainsi que des milieux ouverts. Sur l’ensemble des prospections nocturnes menées, 10 nouveaux sites ont été identifiés en présence de l’Engoulevent coré, avec pour certaines des zones de nidification avérées. Nos résultats et nos observations de terrain, nous ont permis de discuter de l’écologie de l’Engoulevent coré et d’identifier plusieurs menaces qui pèsent sur les populations en Martinique.
Des préconisations sur des mesures conservation et d’amélioration de la connaissance sont ainsi proposées dans ce document technique.
Date de publication : Octobre 2023
Citation : Pinelli D., Le Bras Y. (2023) – Étude de l’habitat favorable à l’Engoulevent coré (Hydropsalis cayennensis manati) sur l’île de la Martinique. Modélisation prospective et échantillonnage nocturne des habitats favorables. Les documents techniques de la fondation Biotope 1 : 1 – 29.
Pour télécharger le document technique 2 (3688 téléchargements )
Depuis l’apparition des enregistreurs automatiques et leur usage de plus en plus courant, voire exclusif, pour étudier l’activité des chiroptères, très peu d’études comparatives des produits et de leur performance ont vu le jour. Pourtant, il est aisé de penser, et certains l’ont constaté, que des biais existent à tous les niveaux de la chaine d’acquisition, entre une chauve-souris émettrice et l’écriture d’un fichier numérique. Ils peuvent être dus à la diversité des micros, à leur degré d’usure, aux divers réglages de sensibilité, aux options prises pour le fonctionnement des trigger, etc. On peut donc légitiment se demander s’il est bien raisonnable de comparer les résultats obtenus par différents enregistreurs et ce qu’ils signifient également ?
Pour répondre à ces interrogations, Biotope, en partenariat avec un exploitant éolien, a réalisé une étude visant à tester et comparer 5 dispositifs installés durant 1 mois et demi sur un mât de mesure dans le sud de la France : un Batlogger WE-X, un GSM Batcorder, un BatmodeS+, et deux SM3BAT équipés de micros différents.
Plusieurs enseignements ressortent de ce test. En premier lieu, on constate des différences importantes en termes de qualité des enregistrements délivrés, bien que les capsules micro utilisées soient de technologie comparable. Sur ce point le Batlogger WE-X et le SM3BAT avec micro SMM-U2 se placent en tête. En second lieu, il se confirme une forte disparité en termes de détectabilité. Cela se traduit par des défauts de détection plus ou moins importants selon les appareils et donc une production significativement différente du nombre de fichiers exprimant les contacts de chiroptères. Outre les différents réglages de gain, de sensibilité… et les problématiques de filtrage, les conceptions assez différentes des trigger de chacun des appareils testés sont probablement à l’origine de la disparité des résultats obtenus.
Le choix du matériel peut ainsi entraîner des conséquences importantes sur les résultats d’une étude et leur analyse. Pour le montrer, nous avons choisi d’analyser les résultats obtenus à partir des 5 dispositifs dans le but d’établir des scenarii de bridage d’éoliennes. Il s’agit alors de croiser les données d’activité obtenues avec les paramètres de vent et de température enregistrés pour établir des fonctions de cumul ou d’affinité. Les écarts de données fournies par les différents dispositifs ont engendré des modélisations plus ou moins précises, avec des défauts d’appréciation et une limite de la pertinence pour les appareils ayant fourni peu de fichiers positifs.
Enfin, cette étude comparative souligne la faible pertinence de comptabiliser les fichiers comme unité de contacts lorsque l’on utilise des enregistreurs passifs pour étudier l’activité des chiroptères, et réhabilite l’idée de la minute positive avancée par Miller puis Haquart.
Les paysages sonores se réfèrent à l’environnement acoustique qui entoure un lieu, englobant à la fois les sons naturels et artificiels. Ils sont par conséquent l’expression sonore des socio-écosystèmes, dont ils héritent des dynamiques spatiotemporelles issues d’interactions écologiques et culturelles complexes.
La biodiversité des îles est à la fois unique par la forte proportion d’espèces endémiques qui la caractérise, et profondément modifiée par les introductions d’espèces invasives qui accompagnent l’être humain. Les paysages sonores de ces écosystèmes particuliers sont encore peu décrits. Ils forment pourtant un remarquable indicateur de leur composition et de leur complexité, mais aussi de l’empreinte humaine qu’elle soit directe ou indirecte.
L’étude exploratoire proposée dans ce Document Technique a pour objectif de déterminer les enjeux et possibilités de mise en place d’un suivi éco-acoustique des écosystèmes de Tahiti et Moorea, en Polynésie Française.
L’ichtyofaune de la Guyane française est l’une des mieux documentées d’Amérique du Sud. En 2012, Le Bail et al. ont répertorié 416 espèces, dont 367 espèces strictement d’eau douce. Ces auteurs ont utilisé des approches conventionnelles consistant à collecter et à identifier les espèces sur la base de leur morphologie.
Malheureusement, cette approche est longue, nécessite l’expertise de spécialistes et est sujette à des erreurs lorsque le matériel type et les descriptions morphologiques originales sont anciens et vagues. Par conséquent, les interprétations peuvent être biaisées par la faible visibilité de certaines différences morphologiques chez certaines espèces.
Aujourd’hui, grâce aux progrès de la génétique et aux nouvelles technologies moléculaires, l’identification par codes-barres ADN (DNA Barcoding) peut être utilisée de manière courante. Elle consiste à analyser des séquences génétiques mitochondriales standardisées et à les comparer à une base de données de référence afin de réaliser des identifications au niveau de l’espèce.
À travers des exemples illustrés, cet article montre comment la méthode d’identification par codes-barres ADN est devenue un outil fondamental pour évaluer la diversité de l’ichtyofaune d’eau douce et permet d’améliorer la connaissance de l’ichtyodiversité de la Guyane française.